デバッグで実行すれば、ブレークポイントで止まるはず!!
と思っていましたが、残念ながら、デフォルト設定では止まらないようです。
「AndroidManifest.xml」にて下記の設定をする必要がありました。 (android:debuggable="true")
下記のようにアプリケーションタブからGUIで設定する事もできます。

また、アプリを起動後、DDMSパースペクティブ>Devices>Nameから自分のアプリ名を選んで、Debug the selected processes….を選択すれば、
ブレークポイントで止めることが可能なようです。
この方法だと、アプリが起動してしまってからの動作(ボタンハンドラ等)しか止めることができないようです。
アプリ起動時のコード(ActivityのOnCreate()等)で止まるようにするには起動直後にに呼ばれる箇所に下記のコードを直接記載するとデバッグできるようになりました。
android.os.Debug.waitForDebugger(); コードを挿入。